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［1］特別条項の有無と手続きの確認
　そもそも従業員に36協定に定める限度時間（月45時間など）を超えて時間外労働をさせるためには、36協定に特別条項を設ける必要があります。よってまずは締結している36協定に特別条項を設けられているかの確認をします。特別条項には、限度時間を超えて労働をさせる際の手続きが定められているため、その手続きを取った上で時間外労働を命じることとなります。例えば、「過半数代表者への申し入れ」とされている場合には、事前に会社が従業員の過半数代表者へ限度時間を超えた時間外労働を命じる旨を書面等で申し入れ、その記録を残しておくことが求められます。

［2］特別条項を適用する際の注意点
　実際に特別条項を適用し、時間外労働を命じる際には、「1箇月（時間外労働及び休日労働を合算した時間数。100時時間未満に限る。）」の項目で定めた以下の2点について特に注意が必要です。

1. 限度時間を超えて労働させることができる回数
2. 延長することができる時間数及び休日労働の時間数

　例えば限度時間を超えて労働させることができる回数を6回と定めている場合、36協定で定めた1年のうち6回(6ヶ月)までしか特別条項を適用することができません。そのため、従業員ごとに適用した回数をカウントし、6回以下となるように管理が必要です。
　また、この特別条項を設ける場合の前提条件として、法令で上回ることができない労働時間数等の基準が設けられています。具体的には、以下の1から4のすべてを満たす必要があります。

1. 時間外労働が年720時間以内
2. 時間外労働と法定休日労働の合計が月100時間未満
3. 時間外労働と法定休日労働の合計について、2ヶ月平均、3ヶ月平均、4ヶ月平均、5ヶ月平均、6ヶ月平均（以下、「2〜6ヶ月平均」という）がすべて1ヶ月当たり80時間以内
4. 時間外労働が月45時間（※）を超えることができるのは年6ヶ月まで
   ※3ヶ月を超える1年単位の変形労働時間制の場合は月42時間

　そのため、1ヶ月の時間外労働時間数の上限を90時間と協定しているケースにおいて、その月の時間外労働時間数が90時間で協定の範囲に収まっていたとしても、上記3のとおり2〜6ヶ月平均で月80時間以内という基準を満たすためには、その翌月は70時間以内に収める必要があります。単月の管理のみではなく、複数月の時間数の管理も必要になります。